早在二千多年前，医药之父、希腊名医希波克拉底就曾指出：“所有的疾病均源于肠道。”从现代医学来看，这一判断是正确的。我们的肠道含有数以亿计的微生物，其中许多可以参与代谢食物，使维生素可以为身体所接受。肠道中的这些微生物可以保护我们抗击诸如破伤风和引发腹泻的大肠杆菌这样的“坏”微生物，对健康至关重要。
“好”微生物给身体提供的最重要的功效之一便是提升免疫力。但科研人员认为，数十年来我们始终在无意之中通过各种方式在消灭这些“好”微生物。这些方式包括过度使用抗生素，用抗菌肥皂擦洗皮肤等等。居于体内的“好”微生物形成了一个巨大的区域，当它的平衡遭到破坏之时，“坏”微生物便会兴风作浪。
那么，如何才能让体内的有益菌发挥作用，促使肠道微生物向好的方向发展，最简便的途径便是选择所摄入的饮食。经过认证的有机物、高膳食纤维和发酵原料在促进肠道健康方面具有积极的功效。经常通过养花接触泥土也非常有益，相反，食用加工食品、使用诸如含伤害有益菌化学物质的洗手液则会带来消极效果。这里推荐保护肠道健康的日常方式。
1、选择有机食品。医学专家指出，生长于健康土壤中的蔬菜可以将泥土中多种微生物带入我们的肌体，从而促进健康。就肉食而言，在美国销售的全部抗生素的70～80%被用于为农场饲养的动物增膘。美国疾病控制与预防中心认为，这是导致病原体对抗生素耐性现象的主要因素，也是人类健康所面临的重要问题。而经过认证的有机肉类则是不含抗生素的。
2、選择全谷物。高膳食纤维和全谷类食物富含低聚糖，这是一种复杂的碳水化合物，为微生物所钟爱。这些所谓的益生元使得人们可以把像藜麦和荞麦这样的全谷物做成一碗早餐燕麦。此外，全麦面条和粗粮比精制的谷类更有益于有益微生物的生长。美国农业部建议，每摄入1000卡路里的热量，应补充摄入14克纤维素，应尽可能以每只约含3克纤维素的全麦面包，以及诸如苹果这样的高纤维零点加以补充。
3、选食发酵食品。酸奶的成分清单中含有活性培养物，每份可以供给数以十亿计的微生物。美国密西根大学的科研人员指出，含有活性培养物的发酵食物，如未用巴氏法灭菌的朝鲜泡菜、酸乳酒、德国泡菜和各种腌菜有助于补充并保护肠内的好微生物。
4、避免摄入人工甜味剂。甜味剂中所含的化学物质可将体内好细菌挤出，从而使人易患糖尿病和与肥胖相关的疾病。
5、远离商业乳化剂。许多经过加工的冰激凌、布丁、色拉酱调料的光滑感、浓度的一致性来源于聚梨酸酯80和羧甲基纤维素。这些化学物质在有机食品中不含有，它们可破坏人体肠道中的微生物，导致炎症，也是引发代谢综合症的罪魁祸首。同时，又是导致高血压和高血糖进而引发心脏病的危险因素。
6、审慎使用抗生素。在过去50年里，肥胖病率上升了200%，糖尿病增加了7倍，哮喘发病率飙升大约250%。仅在过去10年中，花生过敏症就增长了3倍。科研人员有令人信服的理由认为，滥用抗生素的后果是对好细菌进行地毯式轰炸，从而导致上述现象的发生。在当今抗生素处方药中有1/3是医生用来对付病毒的，而实际上则无效。因此，如果你孩子病了，在用药前则应耐心观察，可以向医生咨询可否挺几天，看看能否在不用抗生素的情况下感染自行消退。
7、接触泥土。瑞士进行的研究表明，在紧邻自然喂养的家禽农场旁生活的孩子患过敏和哮喘的可能性较低，这或许因为动物使人体中的微生物多样化的缘故。研究显示，宠物也具有相似的功效，有机园艺也是如此。
8、用肥皂冲洗双手。当你用餐时，勿用洗手液或任何含三氯生的制剂洗手。这些抗生物的物质在某些牙膏中也存在，可导致敏化作用，是食物的过敏源。